Тип публикации: патент
Год издания: 2015
Аннотация: Программный комплекс предназначен для определения размера библиотек (insert size) парных ридов (англ. reads), как paired-end так и matepair, полученных с секвенатора Illumina второго поколения. Программный комплекс использует для своей работы набор программных утилит с открытым кодом, таких как Bowtie 2, BWA, Samtools, GNUPLOT. ОблПоказать полностьюасть применения - анализ геномных данных. Программа позволяет: работать с файлами последовательностей ридов в формате *.fastq или *.fasta совместно с файлами последовательностей генома в формате *.fasta; генерировать график и гистограмму, с помощью которых можно визуально определять, какого размера была получена библиотека после процесса секвенирования; вычислять расстояния (в целочисленном формате) между всеми парными ридами, которые выравнивались на геном, и записывать их в файл. Производить ограниченную пользователем по размеру выборку значений из всех расстояний, сортировать и записывать в отдельный файл для последующей визуализации; формировать статистический отчет и отчет об ошибках.