Перевод названия: Development of Nuclear Microsatellite Markers with Long (Tri-, Tetra-, Penta-and Hexanucleotide) Motifs for Three Larch Species Based on the de novoWhole Genome Sequencing of Siberian Larch (Larix sibirica Ledeb.)
Тип публикации: статья из журнала
Год издания: 2019
Идентификатор DOI: 10.1134/S001667581904009X
Ключевые слова: генетическое разнообразие, полногеномное секвенирование, гетерозиготность, хвойные, микросателлитные маркеры, лиственница, Larix., genetic diversity, whole genome sequencing, heterozygosity, conifers, microsatellite markers, Larix, larch.
Аннотация: Лиственница сибирская Larix sibirica Ledeb. является одной из преобладающих бореальных пород в Евразии и имеет высокую экономическую и экологическую ценность. Однако, несмотря на это, разработка и использование микросателлитных маркеров для ее исследования остаются недостаточными. Микросателлитные маркеры уже долгое время являются Показать полностьюпризнанным инструментом для оценки популяционной изменчивости и структуры видов. В настоящей работе был проведен поиск простых три-, тетра-, пента- и гексануклеотидных тандемных повторов в геномной референсной de novo сборке лиственницы сибирской, локусы которой легко генотипируются даже путем простого гель-электрофореза. Всего было найдено более тысячи предположительных микросателлитных локусов. На основе этих данных были разработаны и проверены 60 пар олигонуклеотидных ПЦР праймеров. По итогам тестирования праймеров на образцах ДНК из трех видов лиственницы (L. sibirica Ledeb., L. gmelinii (Rupr.) Rupr. и L. cajanderi Mayr.) были отобраны 14 наиболее перспективных полиморфных локусов, которые могут успешно применяться для изучения и идентификации не только лиственницы сибирской, но также лиственниц Гмелина и Каяндера. Siberian larch Larix sibirica Ledeb. is one of the major boreal tree species in Eurasia and has a considerable economic and ecological value. Despite that importance, the development and use of microsatellite markers in this species remain limited. Microsatellite markers are considered to be a valuable tool for estimation of population diversity and structure. Availability of draft reference assembly of the Siberian larch genome allowed us to identify 1015 microsatellite loci or simple sequence repeats (SSRs) with tri-, tetra-, penta- and hexa-nucleotide motifs. For 60 of them PCR primers were designed and tested for amplification in L. sibirica and for their cross-genus transferability to L. gmelinii (Rupr.) Rupr. and L. cajanderi Mayr. Here we present a set of 14 reliable and polymorphic nuclear SSR markers that can be used for further population genetic studies, breeding programs and timber origin identification.
Журнал: Генетика
Выпуск журнала: Т. 55, № 4
Номера страниц: 418-425
ISSN журнала: 00166758
Место издания: Москва
Издатель: Федеральное государственное бюджетное учреждение "Российская академия наук"