СТРУКТУРА ГЕНОМОВ ХЛОРОПЛАСТОВ ВОДОРОСЛЕЙ : научное издание

Описание

Перевод названия: STRUCTURE OF GENOMES OF CHLOROPLAST OF SOME ALGAE

Тип публикации: статья из журнала

Год издания: 2018

Ключевые слова: тройка символов, частота, структура данных, геном, triplet, frequency, data pattern, taxonomy

Аннотация: В работе изложены результаты статистического анализа структуры геномов хлоропластов водорослей. В нашей работе в качестве структуры рассматривается расположение точек, соответствующих участкам генома, в 63-мерном пространстве частот троек символов. Геном сканируется окном длины Δ со сдвигом t. Для каждого полученного таким образом Показать полностьюучастка длины Δ вычисляется частотный словарь троек символов. Тройки символов в каждом участке рассматривались без пересечения. Было проанализировано 11 геномов хлоропластов многоклеточных водорослей и 65 геномов хлоропластов одноклеточных водорослей. Визуализация структуры каждого генома была сделана в программе VidaExpert. Для этого была построена проекция 64-мерного пространства частот в пространство первых трёх главных компонент. Исследования показали, что большинство геномов хлоропластов водорослей в пространстве первых трёх главных компонент имеют характерную структуру. Однако для геномов хлоропластов водорослей наблюдается существенно больше вариантов, отличающихся от характерной структуры, чем для геномов хлоропластов наземных растений. Some preliminary results on the chloroplast genomes structure of algae are present. Structure here is a pattern of the distribution of a set of points in 63-dimenstional metric space, where each point is the frequency dictionary of a fragment of a chromosome of the length Δ nucleotides identified with a step in t nucleotides. Each fragment has been converted into triplet frequency dictionary, where the triplets cover the fragments in non-overlapping manner, but with no gaps. 11 genomes of chloroplasts of multicellular algae and 65 genomes of unicellular algae were studied. With VidaExpert software the clustering of the frequency dictionaries corresponding to the fragments was obtained. In the space of three largest principal components the patterns exhibit significant likelihood.

Ссылки на полный текст

Издание

Журнал: Международный журнал прикладных и фундаментальных исследований

Выпуск журнала: 1

Номера страниц: 121-125

ISSN журнала: 19963955

Место издания: Пенза

Издатель: Общество с ограниченной ответственностью "Издательский Дом "Академия Естествознания"

Авторы

  • Сенашова М.Ю. (ФГБУН «Федеральный исследовательский центр «Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук»» - обособленное подразделение «Институт вычислительного моделирования Сибирского отделения Российской академии наук»)
  • Садовский М.Г. (ФГАОУ «Сибирский федеральный университет», Институт фундаментальной биологии и биотехнологии)

Вхождение в базы данных