ПРОСТРАНСТВЕННАЯ СТРУКТУРА ГЕНОМОВ ЦИАНОБАКТЕРИЙ

Описание

Перевод названия: SPATIAL STRUCTURE OF GENOMES OF CYANOBACTERIA

Тип публикации: статья из журнала

Год издания: 2017

Ключевые слова: геном, триплет, частота, структура данных, genom, triplet, frequency, data pattern

Аннотация: Представлены результаты, полученные при изучении пространственной структуры геномов цианобактерий. В качестве структуры в нашей работе понимается расположение в пространстве частот триплетов точек, соответствующих выделенным участкам генома цианобактерий. Для каждого участка длины Δ со сдвигом t вычислялся частотный словарь троек сПоказать полностьюимволов без пересечений. Частоты рассматривались как координаты в 64-мерном пространстве. Таким образом, каждому участку генома сопоставлялась точка в пространстве частот. Было проанализировано 7 геномов цианобактерий, размещенных в EMBL-банке. Одна координата (с минимальным стандартным отклонением) отбрасывалась и в дальнейшем рассматривалось 63-мерное пространство частот. Для визуализации полученного множества точек была использована программа VidaExpert. С ее помощью для каждого генома были построены проекции в пространство первых трёх главных компонент из 63-мерного пространства частот. Мы обнаружили, что геномы цианобактерий обладают одинаковой структурой, представляющей собой своеобразный клубок из нитей. Причем нити образованы точками, соответствующими последовательным участкам генома.

Ссылки на полный текст

Издание

Журнал: Международный журнал прикладных и фундаментальных исследований

Выпуск журнала: 11-2

Номера страниц: 255-259

ISSN журнала: 19963955

Место издания: Пенза

Издатель: Общество с ограниченной ответственностью "Издательский Дом "Академия Естествознания"

Авторы

  • Сенашова М.Ю. (ФГБУН «Федеральный исследовательский центр “Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук”» - обособленное подразделение «Институт вычислительного моделирования» Сибирского отделения Российской академии наук»)
  • Садовский М.Г. (ФГАОУ «Сибирский федеральный университет», институт фундаментальной биологии и биотехнологии)

Вхождение в базы данных