Structure Determination of the Pb2+-specific GT Aptamer Using SAXS and Molecular Modeling Methods

Описание

Тип публикации: статья из журнала

Год издания: 2024

Ключевые слова: aptamers, heavy metal ions, small-angle X-ray scattering, circular dichroism spectroscopy, molecular modeling, аптамеры, ионы тяжелых металлов, малоугловое рентгеновское рассеяние, спектроскопия кругового дихроизма, молекулярное моделирование

Аннотация: Aptamer GT conjugated with gold nanoparticles is specific for heavy metal ions and can be used for water quality control and environmental monitoring. Circular dichroism (CD) and small-angle X-ray scattering (SAXS) measurements were performed to determine the structure of the aptamer complex with lead (II) ions. Comparison of the mПоказать полностьюeasurement results with di erent options of the spatial structure of the complexes obtained using molecular modeling allowed us to determine how the aptamer changes its conformation due to interacting with the target. Аптамер GT, конъюгированный с золотыми наночастицами, специфичен к ионам тяжёлых металлов и может использоваться для контроля качества воды и экологического мониторинга. Для определения структуры комплекса аптамера с ионами свинца (II) были проведены измерения кругового дихроизма (КД) и малоуглового рентгеновского рассеяния (МУРР). Сопоставление результатов измерений с разными вариантами пространственной структуры комплексов, полученными с помощью молекулярного моделирования, позволило определить, как меняется конформация аптамера при взаимодействии с мишенью - ионами свинца (II).

Ссылки на полный текст

Издание

Журнал: Журнал Сибирского федерального университета. Серия: Математика и физика

Выпуск журнала: Т. 17, 6

Номера страниц: 808-816

ISSN журнала: 19971397

Место издания: Красноярск

Издатель: Сибирский федеральный университет

Персоны

  • Artyushenko Polina V. (Prof. V. F. Voino-Yasenetsky Krasnoyarsk State Medical University)
  • Shchugoreva Irina A. (Prof. V. F. Voino-Yasenetsky Krasnoyarsk State Medical University)
  • Berlina Anna N. (A. N. Bach Institute of Biochemistry, Research Center of Biotechnology RAS)
  • Komova Nadezhda S. (A. N. Bach Institute of Biochemistry, Research Center of Biotechnology RAS)
  • Serebrennikova Kseniya V. (A. N. Bach Institute of Biochemistry, Research Center of Biotechnology RAS)
  • Moryachkov Roman V. (Federal Research Center KSC SB RAS)
  • Zabluda Vladimir N. (Kirensky Institute of Physics, Federal Research Center KSC SB RAS)
  • Sokolov Alexey E (Kirensky Institute of Physics, Federal Research Center KSC SB RAS)
  • Tomilin Felix N. (Federal Research Center KSC SB RAS)
  • Kichkailo Anna S. (Prof. V. F. Voino-Yasenetsky Krasnoyarsk State Medical University)

Вхождение в базы данных