Тип публикации: диссертация
Год издания: 2024
Ключевые слова: голосеменные, хлоропластный геном, митохондриальный геном, мобильные элементы, транспозоны
Аннотация: Диссертационная работа Бондар Евгении Ивановны «Аннотация генома и предсказание сайтов начала транскрипции для лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.)» посвящена подробной аннотации генов и мобильных элементов генома лиственницы сибирской, что является первым публично доступным ресурсом для рода Larix. В данной работе была поПоказать полностьюлучена комплексная видоспецифичная библиотека повторов, которая может использоваться для поиска мобильных элементов в геномах других голосеменных растений, а также разработаны и протестированы полиморфные SSR-маркеры для лиственницы сибирской, подходящие также для популяционных исследований лиственниц Гмелина и Каяндера. Разработанные в ходе исследования SSR-маркеры позволяют оценивать уровень генетического разнообразия и дифференциации популяций и могут успешно применяться для изучения лиственниц сибирской, Гмелина и Каяндера и специально разработаны с учётом их возможного использования в лабораториях, где отсутствует техническая возможность проведения капиллярного электрофореза. Кроме этого, для трёх видов семейства Pinaceae были предсказаны сайты начала транскрипции с помощью вычислительных подходов, основанных на методе максимизации ожидания и классификации нейронной сетью; был опробован метод валидации предсказаний de novo на основе распределения длин 5′-нетранслируемой области, профиля распределения свободной энергии ДНК дуплексов и позиционного распределения сайтов связывания транскрипционных факторов. Эта работа является первым полногеномным предсказанием TSS в геномах размером более 10 млрд.п.н. Идентификация TSS и соответствующих промоторных областей является важным ресурсом для экспериментальной проверки и понимания регуляции генов, а также для исследования эволюционных связей между голосеменными и покрытосеменными растениями. Эта информация может быть использована в генетической селекции и редактировании генома для более точного картирования функциональных областей генома и локусов количественных признаков (QTL), таких как скорость роста, устойчивость к холоду и засухе, резистентность к патогенам и инвазии.