Перевод названия: PRELIMINARY RESULTS OF DE NOVO WHOLE GENOME SEQUENCING OF THE SIBERIAN LARCH ( LARIX SIBIRICA LEDEB.) AND THE SIBERIAN STONE PINE ( PINUS SIBIRICA DU TOUR)
Тип публикации: статья из журнала
Год издания: 2014
Ключевые слова: genome, de novo Sequencing, Siberian larch (Larix sibirica Ledeb.), Siberian Stone pine (Pinus sibirica Du Tour), геном, de novo секвенирование, лиственница сибирская (Larix sibirica Ledeb.), сосна кедровая сибирская (Pinus sibirica Du Tour)
Аннотация: В результате секвенирования ядерной ДНК сибирской лиственницы ( Larix sibirica Ledeb.) и сосны кедровой сибирской ( Pinus sibirica Du Tour) с помощью высокопроизводительного секвенатора Illumina HiSeq2000 и последующей первичной обработки данных для лиственницы получено 2 906 977 265 высококачественных парноконцевых нуклеотидных сиПоказать полностьюквенсов (чтений) генома и просеквенировано (прочитано) 576 млрд пар нуклеотидных оснований (п. н. о.), что соответствует 48-кратной длине генома лиственницы (48Х покрытие), равного 12.03 млрд п. н. о., а для кедра получено 3 427 566 813 чтений генома (679 млрд п. н. о.), что соответствует 29-кратной длине (29Х покрытие) генома кедра (23.6 млрд п. н. о.). Этих данных пока недостаточно для полной сборки и аннотации данных геномов, но полученные нуклеотидные сиквенсы уже позволили обнаружить и разработать эффективные высокополиморфные молекулярно-генетические маркеры, микросателлитные локусы, необходимые для популяционно-генетических исследований и идентификации происхождения древесины. Также продолжаются исследования однонуклеотидных полиморфизмов (так называемых «снипов»). Кроме того, геномные исследования российских бореальных лесов и связанных с ними фитопатогенов позволят обнаружить биомаркеры для решения важных научных и хозяйственных задач по сохранению лесных генетических ресурсов и селекции более устойчивых к заболеваниям и неблагоприятным факторам среды пород с ускоренным ростом и улучшенной древесиной. The Illumina HiSeq2000 DNA sequencing generated 2 906 977 265 high quality paired-end nucleotide sequences (reads) and 576 Gbp for Siberian larch ( Larix sibirica Ledeb.) that corresponds to 48X coverage of the larch genome (12.03 Gbp), and 3 427 566 813 reads and 679 Gbp for Siberian stone pine ( Pinus sibirica Du Tour) that corresponds to 29X coverage of its genome (23.6 Gbp). These data are not enough to assemble and annotate whole genomes, but the obtained nucleotide sequences have allowed us to discover and develop effective highly polymorphic molecular genetic markers, such as microsatellite loci that are required for population genetic studies and identification of the timber origin. Sequence data can be used also to discover single nucleotide polymorphisms (SNPs). Genomic studies of Russian boreal forests and major phytopathogens associated with them will also allow us to identify biomarkers that can be used for solving important scientific and economic problems related to the conservation of forest genetic resources and breeding more resilient and fast growing trees with improved timber and resistance to diseases and adverse environmental factors.
Журнал: Сибирский лесной журнал
Выпуск журнала: № 4
Номера страниц: 79-83
ISSN журнала: 23111410
Место издания: Новосибирск
Издатель: Федеральное государственное унитарное предприятие Издательство Сибирского отделения Российской академии наук