Перевод названия: Вычисление сеток силовых полей для молекулярного докинга с использованием графических процессоров
Тип публикации: статья из журнала
Год издания: 2014
Ключевые слова: gpgpu, Cuda, molecular docking, virtual screening, ligand-protein docking, молекулярный докинг, виртуальный скрининг, лиганд белковый докинг
Аннотация: The vast majority of problems faced by bioinformatics are very complex and time consuming. They require the use of modern high-performance computational systems and the development of algorithms for such system. Heterogeneous computing systems which include graphics processing unit (GPU) occupy a separate niche. Such systems allow Показать полностьюto accelerate solving of some task signi?cantly. The task performing molecular docking namely accelerating the calculation of force ?eld grids for fast ligand-protein molecular docking is studied in this work. Algorithms for fast calculation of the large number of force ?eld grids which are scaled to all GPUs available in the system were developed. Extensive testing on different platforms was performed. Подавляющее большинство задач, с которыми приходится сталкиваться биоинформатике, чрезвычайно сложны и времязатратны. Для их успешного решения требуется использовать современные высокопроизводительные вычислительные системы, для которых необходимо разрабатывать новые, специфичные алгоритмы. Среди таких систем отдельную нишу занимают гетерогенные вычислительные системы, в состав которых входят графические процессоры. Подобные системы позволяют существенно ускорить вычисления некоторых задач. В работе представлены алгоритмы, использующие возможности графических процессоров для ускорения молекулярно докинга, а именно для построения сеток силовых полей для ускорения молекулярного лиганд-белкового докинга. Предложенные алгоритмы ориентированы на быстрое вычисление большого количества сеток силовых полей и масштабируются на любое доступное компьютеру количество графических процессоров.
Журнал: Журнал Сибирского федерального университета. Серия: Биология
Выпуск журнала: Т. 7, № 1
Номера страниц: 4-13
ISSN журнала: 19971389
Место издания: Красноярск
Издатель: Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования Сибирский федеральный университет