Применение методов оптимизации для выполнения молекулярного докинга на графических процессорах

Описание

Перевод названия: Application of Numerical Optimization Methods to Perform Molecular Docking on Graphics Processing Units

Тип публикации: статья из журнала

Год издания: 2014

Ключевые слова: дифференциальная эволюция, gpgpu, Cuda, molecular docking, virtual screening, ligand-protein docking, молекулярный докинг, виртуальный скрининг, лиганд-белковый докинг

Аннотация: В работе проведён анализ методов оптимизации для решения задачи молекулярного докинга. Сформированы дополнительные требования, предъявляемые к методам оптимизации при их реализации на графических процессорах. Выбран перспективный метод для графических процессоров и продемонстрирована его реализация. An analysis of numerical optimizПоказать полностьюation methods for solving a problem of molecular docking has been performed. Some additional requirements for optimization methods according to GPU architecture features were specified. A promising method for implementation on GPU was selected. Its implementation was described and performance and accuracy tests were performed.

Ссылки на полный текст

Издание

Журнал: Моделирование и анализ информационных систем

Выпуск журнала: Т. 21, 5

Номера страниц: 93-101

ISSN журнала: 18181015

Место издания: Ярославль

Издатель: федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Ярославский государственный университет им. П.Г. Демидова"

Авторы

  • Фарков Михаил Александрович (Сибирский Федеральный Университет Россия)
  • Легалов Александр Иванович (Сибирский Федеральный Университет Россия)

Вхождение в базы данных