ВТОРОЕ ПРАВИЛО ЧАРГАФФА И СИММЕТРИЯ ГЕНОМОВ : научное издание

Описание

Перевод названия: CHARGAFF’S SECOND RULE AND SYMMETRY IN GENOMES

Тип публикации: статья из журнала

Год издания: 2014

Ключевые слова: palindromes, frequency, classification, correlation, taxonomy, evolution, палиндромы, частота, классификация, корреляция, таксономия, эволюция

Аннотация: В работе представлены предварительные результаты исследования нарушения суперсимметрии в геномах различных организмов. Под суперсимметрией понимается т.н. второе правило Чаргаффа, устанавливающее равенство частот олигонуклеотидов, читающихся одинаково в противоположных направлениях, с учётом замены нуклеотидов по правилу комплементПоказать полностьюарности. Представлены предварительные результаты исследования геномов различных организмов и органелл, от вирусов до высших животных. Вычислялась мера нарушения симметрии в пределах одного стренда ДНК для указанных геномов. Всего проанализировано более 1500 последовательностей, проведён сравнительный анализ данных, полученных для разных последовательностей: как внутригеномный, так и межгеномный. Установлено, что внутригеномная вариабельность меры нарушения второго правила Чаргаффа падает по мере роста длины слов, для которых она определяется, и сопоставима с межгеномной вариабельностью для коротких слов. Some preliminary results are provided towards the study of the violation of genomic super-symmetry; that latter is the so called Second Chargaff’s rule. The rule stipulates that oligonucleotides that could be read equally in opposite directions with respect to the symbol change according to the complimentary law (complimentary palindromes) should exhibit pretty close frequency. We have checked the genomes of organisms of various taxa ranging from viruses via bacteria, yeasts, animals, plants, etc.; more than 1500 genetic sequences had been studied, totally. The measure for the second rule violation was calculated for a single strand. Both intragenomic, and intergenomic studies have been carried out. It was found that intragenomic variability decays, as the length of string grows up. The intergenomic variability is comparable to the intragenomic one, for considerably short strings.

Ссылки на полный текст

Издание

Журнал: Фундаментальные исследования

Выпуск журнала: 12-5

Номера страниц: 965-968

ISSN журнала: 18127339

Место издания: Пенза

Издатель: Общество с ограниченной ответственностью "Издательский Дом "Академия Естествознания"

Персоны

  • Гребнев Я.В. (ФГАОУ ВПО «Сибирский федеральный университет» Институт фундаментальной биологии и биотехнологии)
  • Садовский М.Г. (ФГБУН «Институт вычислительного моделирования» Сибирского отделения Российской академии наук)

Вхождение в базы данных