Классификация нуклеотидных последовательностей по частотным словарям обнаруживает связь между их структурой и таксономическим положением организмов

Описание

Перевод названия: Classification of nucleotide sequences over their frequency dictionaries reveals a relation between the structure of sequences and taxonomy of their bearers

Тип публикации: статья из журнала

Год издания: 2003

Ключевые слова: нейронные сети

Аннотация: Цель работы - изучение связи между структурой нуклеотидной последовательности и таксономическим положением ее носителя. Изучены классификации нуклеотидных последовательностей бактериальных 16S РНК. Показано существование корреляции между таксономическим положением носителей и информационной структурой нуклеотидных последовательностПоказать полностьюей бактериальных 16S РНК. Две последовательности считались близкими по структуре, если близки их частотные словари в евклидовой метрике. Предложена процедура преобразования частотного словаря, которая выявляет особенности информационной структуры символьной последовательности. Проведено сравнительное исследование классификаций по реальным и преобразованным частотным словарям. Выделены информационно значимые сайты - главные факторы отличия - для полученных классов. Классификация реальных частотных словарей толщины 3 наилучшим образом коррелирует с родом: род, как правило, целиком включен в один класс и исключения редки. В результате иерархической классификации по преобразованным частотным словарям на каждом этапе выделялись одна-две таксономические группы. Структурные различия полученных классов заключены в редком или, наоборот, частом (по сравнению с ожидаемым) появлении некоторых слов, количество которых невелико.

Ссылки на полный текст

Издание

Журнал: Журнал общей биологии

Выпуск журнала: Т.64, 1

Номера страниц: 65-77

ISSN журнала: 00444596

Место издания: Москва

Издатель: Федеральное государственное унитарное предприятие Академический научно-издательский, производственно-полиграфический и книгораспространительский центр Наука

Авторы

  • Горбанъ A.Н. (Институт вычислительного моделирования СО РАН)
  • Попова Т.Г. (Институт вычислительного моделирования СО РАН)
  • Садовский М.Г. (Институт биофизики СО РАН)

Вхождение в базы данных

  • РИНЦ (eLIBRARY.RU) (цитирований 6)
  • Ядро РИНЦ (eLIBRARY.RU)
  • Список ВАК
  • Web of Science Core Collection
  • Scopus